מעמדו של הפוליגרף כראיה במערכת המשפט בישראל, משתנה בהתאם למערכת בית המשפט בו נידון הנושא או התביעה.

בית משפט פלילי: 

בדיקת פוליגרף איננה ראיה קבילה במשפט הפלילי, גם לא בהסכמת שני הצדדים.  יתר על כן, חל איסור על אזכור קיומה של בדיקת פוליגרף, או לחלופין חוסר הסכמה של חשוד לעבור את הבדיקה.
משפט חוזר- בדיקת פוליגרף לא יכולה לשמש כגורם לבקשת משפט חוזר.
הליכי מעצר- בית המשפט רשאי לקבל בדיקת פוליגרף כראיה במעצר לצרכי חקירה.
מעצר עד תום ההליכים- בסוגייה זו אין פסיקה חד משמעית וישנן מספר פסיקות אשר קיבלו את בדיקת הפוליגרף כראיה- (פחימה נ' מדינת ישראל) ומספר פסיקות שלא-(פרץ  נ' מדינת ישראל).
הליכים מנהליים- ניתן להסתמך על תוצאות בדיקת פוליגרף בהליכים מנהליים כאשר ניתן לסטות מדיני הראיות.

בית משפט אזרחי: 

בדיקת פוליגרף מהווה ראיה קבילה בבית משפט אזרחי, כל עוד קיימת הסכמה משותפת של שני הצדדים לקבלת ממצאי הבדיקה. בתי המשפט הנעזרים בבדיקות פוליגרף כראיה, באמצעות חוות דעת מומחה פוליגרף הינם: בית משפט לענייני משפחה, בית משפט לתביעות קטנות, בית משפט לתעבורה.

לרוב יבדקו בפוליגרף סכסוכים עסקיים, כספיים, ואימות גרסאות.

בית דין רבני: 

בדיקת פוליגרף מהווה ראיה קבילה בבית משפט רבני. השימוש בבדיקת פוליגרף הינו נפוץ בעיקר בנושאיי אימות גרסאות בזוגיות, ונושאים משפחתיים. 

משחר האנושות, החל חיפוש אחר דרכי הבחנה בין חשודים דוברי אמת לבין דובר שקר. לאורך ההיסטוריה נוסו מגוון טכניקות לאיתור ההונאה, חלקם אכזריים וחלקם מגוחכים. למרות השיטות הפרימיטיביות, כל הטכניקות היו מבוססות על ההנחה כי, כאשר  אדם ישקר בזמן שאלה בנוגע לאירוע מסויים, תיווצר תגובה פיזיולגית בגופו. תיאוריה זו קרמה עור וגידים בתקופה המודרנית, בה נכנסו כלים אמפירים מדידים שאיפשרו ליצור את מדע הפוליגרף.

תהליך יצירתו של מכשיר הפוליגרף החל עוד מתקופת "גלילאו גליליי" אשר המציא את המכשיר הראשון למדידת דופק. המכשיר כונה "שעון דופק" וזהו היה הניסיון הראשון למדוד דופק ללא מגע אדם.

ב1733- (Hales) ביצע את בדיקת לחץ הדם הראשונה ע"י החדרת קטטת מתכתי לעורק סוס, ומדידה במבחנת זכוכית את עוצמת שאיבת הדם. שיטה זו היתה קשה ליישום בעקבות הצורך לחדור לורידי הסוס.

ב1828- שיפר (Poiseille)  את שיטתו של היילס ע"י שימוש במדיד כספית בניגוד למדיד של דם.

ב1855- פיתחו (Vierordt&Marey) שיטה למדידת לחץ הדם בצורה חוץ עורקית.

ב1896-פיתח (Riva-Rocci) את שרוול מדידת לחץ הדם המשרת אותנו גם בימים אלו.

ב1904- שיפר (Erlanger) את השרוול בהופכו לשרוול מתנפח.

ב1908- הציע "מונסטרברג" להשתמש במבחן לחץ הדם על מנת לזהות שקר בבית המשפט.

ב1914- דווח "ויטוריו בנוסי" על הצלחה בזיהוי שקר ע"י בדיקה נשימתית.

ב1917- חקר " וילאם מרסטון" בארה"ב את תחום גילוי השקר באמצעות שרוול לחץ הדם בשיטת הנרטיב והשוואה בין שני גרסאות. התרומה המשמעותית של מארסטון היה במשפט פריי (Frye)  ב1923 . מארסטון בממצאיו מצא את הנאשם פרי דובר אמת, אך בית המשפט לא קיבל את ממצאיו בטענה כי מדובר במחקר ראשוני בהתפתחות.

ב1921- תלמיד רפואה בשם "ג'ון לארסון" פיתח את מכשיר הפוליגרף הראשון על בסיס דיו שבדק את לחץ הדם ונשימה. מכשירו של לארסון התבסס על מכשיר פוליגרף שעוצב ע"י קרדיולוג בריטי בשם "ג'ימס מקנזי" ב 1908 לכן אין לתת ללארסון את כל הקרדיט על המצאת המכשיר.

תלמידו של לארסון היה "לאונרד קלר" אשר פיתח את הגרסא הניידת של מכשיר הפוליגרף. הוא הצליח להקטין את המכשיר ע"י המצאת מפוחי מתכת. ההמצאה הביאה למהפכה בעולם הפוליגרף משום שהשינוי אפשר להכניס את בדיקת תפקוד הלב והנשימה במכשיר קטן יותר ונייד. כמו כן תרומתו המשמעותית למדע הפוליגרף היה בפיתוח טכניקות הבדיקה של שאלות רלבנטיות ולא רלבנטיות (R-I) ובדיקת שיא המתח (POT)

כ7 שנים מאוחר יותר הוסיף "וולטר סמרס" את מדד המוליכות החשמלית של העור (GSR) ואף הציג זאת בבית משפט כאינדקס יחיד לגילוי שקר והפך לראשון שבית המשפט קיבל את ממצאיו כראיה.

 משלב זה ההתפתחויות הרציניות בתחום הפוליגרף היו פחות בשיכלול המכשיר ויותר פיתוח טכניקות בדיקה יעילות. האבות המייסדים של התחום הפסיכולוגי בפוליגרף היו ג'ון ריד, פראנקו אנבאו ששיכללו את שיטת שאלות הבקרה . כמו כן ב1935 (קליב בקסטר) הרחיב את רעיון שאלות הבקרה גם לשאלות ניטרליות, שאלות רלבנטיות ושאלות סימפטומטיות.

היבט מעניין בהיסטורה של גילוי השקר, הינו העובדה כי לא ניתן להצביע על נקודה ספציפית המעידה על תחילת תהליך המצאת הפוליגרף, וזאת משום ששיטות המדידה פותחו למטרות רפואיות נקודתיות. רק כתוצאה מהמצאת החשמל, התפתח מדע גילוי השקר בהתבססו על נתונים מדעיים אמפירים ועל האינפורציה שנאספה עד תקופה זו.